A missão do INBEB consiste em promover a multidisciplinaridade e interdisciplinaridade, e também fazer com que áreas convencionais como biofísica, parasitologia, imunologia, bioquímica, farmacologia, química e computação tenham suas fronteiras estendidas. Isto permite uma maior interação entre grupos para solucionar diversos problemas biológicos. Poderíamos citar, como exemplos, agentes infecciosos humanos (vírus da Dengue, febre amarela, HIV/AIDS, tripanossoma, leishmanias), cujas macromoléculas alvos estão sendo estruturalmente identificadas e caracterizadas. Após a fase de caracterização estrutural, tem se buscado a avaliação deste novo alvo como candidato para o desenvolvimento racional de uma droga ou uma vacina específica.

Mecanismos serão estabelecidos para que a utilização da infra-estrutura única seja maximizada. Esta infra-estrutura será criada por todos os participantes do projeto, e inclui os equipamentos de ressonância magnética nuclear, microscopia eletrônica, microscopia de força atômica, imageamento por RMN, entre outros. Ela também estará disponível para pesquisadores do país e do exterior, sobretudo para os do Mercosul, que estejam desenvolvendo projetos que requeiram a utilização desta infra-estrutura.

O Instituto dá ênfase especial para os temas abaixo:

- ao estudo de macromoléculas envolvidas em doenças infecciosas, degenerativas e câncer;
- ao estudo de vírus importantes, como o da dengue, febre amarela, HIV, entre outros;
- ao estudo de estruturas complexas presentes em protozoários que são agentes responsáveis por doenças relevantes como as leishmanioses, a doença de Chagas, a malária e a toxoplasmose;
- acompanhamento em pequenos animais experimentais da evolução de infecções por vírus e protozoários e seu comportamento em animais submetidos a quimioterapia experimental;
- estudo do comportamento in vivo de células-tronco, visando analisar sua biodistribuição, locais de fixação e seu efeito funcional em terapias celulares para doenças degenerativas.