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COVID19-NMR

Pesquisadores do INBEB integram projeto internacional COVID19-NMR
 
A pandemia da covid-19, doen√ßa causada pelo novo coronav√≠rus SARS-CoV-2, tem exigido da ci√™ncia, mais do que nunca, um esfor√ßo coletivo na busca de respostas e formas de combate e tratamento. V√°rios cons√≥rcios de pesquisadores trabalhando em rede t√™m sido formados com esse intuito. Um deles √© o COVID19-NMR , cujo objetivo √©, atrav√©s da resson√Ęncia magn√©tica nuclear, estudar a estrutura proteica e de RNA do v√≠rus, investigar como tais estruturas reagem a determinadas drogas e procurar por novos medicamentos. O projeto internacional de pesquisa tem sua sede na Universidade de Frankurt, na Alemanha, e conta com a participa√ß√£o da Rede RMN Rio, coordenada pelo professor da UFRJ e membro do INBEB Fabio Almeida . Nesta entrevista, ele fala um pouco sobre a rede e a participa√ß√£o no projeto.
 
1) Como será a participação brasileira no consórcio COVID19-NMR?
Esse projeto est√° sendo feito em rede. Reunimos o que chamamos de Rede RMN Rio, que √© uma associa√ß√£o informal dos laborat√≥rios de resson√Ęncia magn√©tica nuclear de biomol√©culas no Estado do Rio de Janeiro. S√£o v√°rios grupos, do Instituto de Qu√≠mica, da Fiocruz, da Bioqu√≠mica aqui da UFRJ, do Cenabio, e tamb√©m grupos associados que s√£o de outros estados, como do Cemib (Unicamp) e da Unesp, de S√£o Jos√© do Rio Preto. Esse √© um projeto que visa estudar a prote√≠na n√ļcleo-caps√≠dica dos coronav√≠rus.
 
Nosso trabalho consiste em expressar a prote√≠na nucleocaps√≠dica, o que significa produzi-la em laborat√≥rio, do SARS-CoV-2, do SARS-CoV [respons√°vel pela epidemia de s√≠ndrome respirat√≥ria aguda grave, SARS], do MERS [s√≠ndrome respirat√≥ria do oriente m√©dio] e das duas formas end√™micas, chamadas OC43 e HKU1, respons√°veis pelo resfriado comum. Essa prote√≠na nucleocaps√≠dica tem uma fun√ß√£o de formar o caps√≠deo, que √© a parte central do v√≠rus e que interage com o RNA gen√īmico. Al√©m de formar o RNA gen√īmico, ela participa tamb√©m da replica√ß√£o e da transcri√ß√£o do v√≠rus ‚Äď replica√ß√£o √© quando o v√≠rus se multiplica e transcri√ß√£o √© quando o v√≠rus, no processo de se multiplicar, tem que produzir as prote√≠nas. Ent√£o o v√≠rus produz o RNA mensageiro, que vai para o ribossoma e ali produz as prote√≠nas. A prote√≠na nucleocaps√≠dica, que chamamos tamb√©m de prote√≠na N, participa do processo de transcri√ß√£o como uma prote√≠na regulat√≥ria. E √© nesse ponto que queremos focar no nosso projeto.
 
Estamos produzindo, no laborat√≥rio, os RNAs que s√£o espec√≠ficos nesse processo regulat√≥rio, chamado de transcription regulation sequences, ou TRSs. Esses RNAs espec√≠ficos s√£o uma assinatura do genoma do v√≠rus com que a prote√≠na N interage. E ningu√©m conhece como isso acontece em n√≠vel molecular, em n√≠vel estrutural. E queremos determinar isso experimentalmente, usando resson√Ęncia magn√©tica nuclear. Nesse momento, estamos usando o Santos Dumont, aquele supercomputador do Laborat√≥rio Nacional de Computa√ß√£o Cient√≠fica (LNCC), que fica em Petr√≥polis. Estamos descrevendo os mecanismos de intera√ß√£o em n√≠vel te√≥rico, usando computa√ß√£o, usando m√©todos computacionais de simula√ß√£o da din√Ęmica molecular. Essa abordagem computacional ser√° complementada pela a abordagem experimental, que vai ser feito nos pr√≥ximos meses.
 
2) O que é o consórcio COVID19-NMR?
O projeto de estudo e triagem de novos f√°rmacos da prote√≠na N foi submetido √† FAPERJ, nessa chamada emergencial para a covid-19, e, nesse interim, com tudo isso em m√£os e esses dados computacionais j√° saindo, n√≥s nos integramos a essa iniciativa internacional, chamada Covid-19 NMR. Esse projeto teve origem com o professor da Universidade de Frankfurt Harald Schwalbe, importante pesquisador na √°rea de resson√Ęncia magn√©tica nuclear de biomol√©culas, que trabalha com RNA. Ele reuniu diversos grupos para estudar o RNA do v√≠rus.
 
O projeto tem duas frentes, uma √© via RNA do SARS-CoV-2. Esse √© um v√≠rus cuja import√Ęncia √© grande, √© um v√≠rus que tem fita, ou seja, o genoma do v√≠rus √© um RNA de fita senso positivo. E a ideia do grupo do Schwalbe e dos outros grupos colaboradores desse projeto √© fazer a estrutura dos RNAs que n√£o s√£o transcritos, que a gente chama de regi√£o 5‚Äô UTR e 3‚Äô UTR. Eles v√£o fazer um esfor√ßo massivo para fazer essas estruturas numa timeline de at√© quatro meses, em regime de open science (ci√™ncia aberta). Antes da publica√ß√£o, todos os resultados v√£o ser disponibilizados no site do projeto para a comunidade cient√≠fica. E depois a gente vai fazer as publica√ß√Ķes. A outra frente s√£o grupos para estudar prote√≠na. S√£o nove pa√≠ses participando desse cons√≥rcio, e o nosso grupo entrou para estudar prote√≠nas N, que √© a prote√≠na nucleocaps√≠dica.
 
3) Quais as vantagens para a Rede RMN-Rio de participar desse projeto internacional?
Todos nossos estudos via resson√Ęncia magn√©tica nuclear, tanto computacionais como experimentais, v√£o ser complementados com estudos que vamos conseguir fazer com muito mais agilidade em colabora√ß√£o na Europa, na Universidade de Frankfurt. Uma das coisas que vamos fazer imediatamente nessa timeline de quatro meses vai ser a triagem de compostos ligantes, com o objetivo de obter compostos ativos contra a covid-19. E j√° existe toda a infraestrutura montada para isso na Europa ‚Äď as bibliotecas, que t√™m um custo alt√≠ssimo de serem feitas. Ainda estamos implementando isso no Brasil, mas, para fazer em larga escala, como √© feito na Europa, vai ser muito mais r√°pido se fizermos direto l√°. Ent√£o vamos pegar a prote√≠na N, que expressamos aqui no Brasil, e nesses quatro meses, vamos fazer a triagem para produzir compostos que v√£o servir de prot√≥tipo para novos f√°rmacos. Assim, quem sabe, num per√≠odo curto, n√≥s consigamos dar uma resposta.
 
4) E qual a import√Ęncia para o Brasil ter representantes nesse cons√≥rcio?
A import√Ęncia √© a resposta r√°pida que a gente est√° dando no meio de uma epidemia. E isso n√£o somente abre a porta para o estudo da prote√≠na N e a resposta para a covid-19, mas abre a porta para estudos futuros tamb√©m. Ent√£o a participa√ß√£o nessa rede √© importante pro Brasil em v√°rios sentidos.
 
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Por Luana Rocha (AsCom INBEB)
Publicado em 11/05/2020

 
     
     
   
     
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